Trường THCS Đồng Nguyên được thành lập từ mùa thu năm 1959, tiền thân là trường tư thục Lê Quí Đôn. Trường nằm trên đất bãi Phủ thuộc địa phận phường Đồng Nguyên - Từ Sơn - Bắc Ninh.

   Khi mới thành lập, trường có 5 lớp với tổng số 20 học sinh và 10 thầy, cô giáo do thầy Đào Trọng Vịnh làm hiệu trưởng ( những học sinh này là con em ở các xã Đồng Nguyên, Tam Sơn, Tương Giang, Tân Hồng, Đồng Quang, Đại Đồng, Phù Chẩn, Phù Đổng...). Trường phải học nhờ ở hai dãy nhà dải muống của đình làng Cẩm Giang.

     Từ năm 1961 đến năm 1963, chính quyền địa phương, hội cha mẹ học sinh đã tích cực vận động quyên góp xây dựng cho trường một dãy nhà gỗ lim, lợp ngói móc có hiên Tây với 4 phòng học ( hiện nay vẫn đang là 4 phòng học của trường Tiểu học Đồn Nguyên I). Trong thời gian này, trường được làm trường điểm của tỉnh, được Bộ trưởng Bộ giáo dục Nguyễn Văn HUyên về thăm và động viên phong trào.

     Từ năm 1977 đến 1992 trường có cả cấp I và cấp II với tên gọi là trường PTCS Đồng Nguyên.

     Đến năm 1992 trường PTCS Đồng Nguyên được tách thành: Trường Tiểu học Đồng Nguyên và trường THCS Đồng Nguyên cho đến ngày nay.

     Năm 1993 địa phương chuyển trường ra khu đất hiện nay và xây dựng cho trường 1 dãy nhà 2 tầng với 12 phòng học. Trường có 24 lớp học 2 ca trong ngày với tổng diện tích 4300 m2

     Đến tháng 3 năm 2003 địa phương xây thêm cho trường 1 dãy nhà 3 tàng gồm 6 phòng học và đổ bê tông phần sân chơi của học sinh.

     Hè năm 2005 địa phương tiến hành sửa chữa lại 12 phòng học khu nhà 2 tầng và mở rộng diện tích là 11.108 m2, đạt tiêu chí của một trường chuẩn quốc gia, đồng thời xây nhà để xe cho CBGV và học sinh.

     Tháng 10 năm 2009,địa phương tiếp tục xây dựng cho trường thêm 1 dãy nhà 3 tầng gồm 12 phòng học, khu nhà hiệu bộ của giáo viên. Công trìnhđươợc khánh thành đưa vào sử dụng ngâyầu năm học 2010 - 2011,đảm bảo phục vụ cho 57 cán bộ giáo viên, nhân viên và 734 học sinh của trường. Hiện nay đã có hồ sơ gửi các cấp có thẩm quyền tiến hành xây dựng nhà đa năng với tổng diện tích 800 m2.

     Hơn nử thế kỉ qua, các thế hệ thầy và trò trường THCS Đồng Nguyên đã luôn phát huy tinh thần thi đua dạy tốt và học tôt trong mọi hoàn cảnh để lớp lớp thế hệ hoc sinh của trường trở thành những người công dân có ích cho xã hội. Từ ngôi trường thân yêu này, hàng vạn học sinh đã toả đi khắp mọi miền Tổ quốc, có rất nhiều học sinh sẵn sàng xung phong lên đường đánh giặc để bảo vệ Tổ quốc và đã anh dũng hy sinh. Nhiều học sinh trở thành cán bộ quản lý cấp nhà nước, nhà khoa học, tiến sĩ, kỹ sư, bác sĩ,công an, nhà giáo ưu tú, sĩ quan quân đội, nhà doanh nghiệp giỏi hoặc trực tiếp lao động sản xuất trên mọi lĩnh vực của cuộc sống góp phần không nhỏ vào sự phát triển đi lên của cuộc sống xã hội.

     Hiện nay, để cùng bắt nhịp với sự phát triển của đất nước, thầy và trò trường THCS Đồng Nguyên thầm nhủ cần noi gương và phát huy truyền thống của lớp lớp anh chị đi trước, nhằm góp phần xây dựng quê hương Đồng Nguyên ngày càng văn minh, giàu mạnh và phát tiển.

                    Đồng Nguyên, tháng 2 năm 2011

                                                    Hiệu trưởng