Trường THCS Đồng Nguyênđược thành lập rất sớm so với các trường THCS thuộc huyện Từ Sơn. Trường nằm ngay trên đất Bãi Phủ, bên trái đường sắt Hà Nội - Lạng Sơn và đường Ngô Gia Tự, thuộc địa phận phường Đồng Nguyên - Quê hương giàu truyền thống cách mạng và lịch sử văn hoá. Mùa thu năm 1959, thuở khai sinh trường với tên là trường Phổ thông cấp II Đồng Nguyên do thầy Đào Trọng Vịnh làm hiệu trưởng với trên 200 học sinh và khoảng 10 thầy cô giáo.

Tiền thân trường THCS Đồng Nguyên là trường tư thục Lê Quý Đôn, bởi vì lúc đó trường có tất cả 5 lớp trên 3 khối 5, 6, 7 thì một lớp 6 và một lớp 7 được chuyển tù trường Lê Quý Đôn (thôn Dương Lôi, xã Tân Hồng) về Cẩm Giang. Còn lại ba lớp 5 là con em của các xã Đồng Nguyên, Liên Sơn (Tam Sơn ngày nay), Tương Giang, Tân Hồng, Đồng Quang, Đại Đồng, Phù Chẩn, Phù Đổng... Buổi ban đầu thành lập không có nơi dạy và học, thầy và trò phải nhờ hai dãy nhà dải muống và tiền tế của đình làng Cẩm Giang - Nơi thờ vị thánh làng - Pháp Hải Đại Vương, có công với Hai Bà Trưng dựng nước và giữ nước làm lớp học. Khi số học sinh mỗi năm tăng lên địa phương còn cho trường sử dụng cả trong đình chính, khu văn chỉ, nhà gác chuông và nhà khách của chùa làm lớp học